Запилил я тут для своих нужд небольшое приложение (sqlalchemy_mptt)
которое добавляет в модель поля и функционал необходимый для Nested sets.
По аналогии с django-mptt. Грубо говоря в модель добавляются поля
left и right которые при помощи системы эвентов самостоятельно
пересчитываются при изменении дерева. Ниже пример обхода дерева: